1987年10月，大连大学工学院、大连大学师范学院和大连大学医学专科学校，三校合一组建成了大连大学。当时，上述三所院校均有各自的卫生所，这也是大连大学门诊部的前身。

1995年10月，学校迁至大连大学开发区新校址，上述三所院校的卫生所也合并到一起，成立了大连大学门诊部，由原工学院卫生所主任顾元福任大连大学门诊部主任（副处级），王英任门诊部副主任兼总务处党总支门诊支部书记（正科级），杨淑珍任门诊部副主任（正科级）。1995年12月，由时任校工会副主席周华兼门诊部主任（副处级），王英任门诊部副主任兼总务处党总支门诊支部书记（正科级），杨淑珍任门诊部副主任（正科级）。组织关系仍然隶属总务处党总支。门诊部主要职责是校内传染病、流行病防控，健康教育、常见病多发病的治疗和保健。

1997年3月，总务处书记刘振芳兼门诊部主任（正处级），党组织关系隶属总务处党总支，王英兼总务处党总支门诊支部书记（正科级）。1997年末在编人员23人，设立：内科、外科、理疗科、中医科、妇科、检验科和X光科。工作职责是校内传染病、流行病防控，健康教育、常见病多发病的治疗和保健。

1999年初，门诊部党支部从总务处党总支中分离出来成为门诊部直属党支部，王世坤任门诊部主任兼直属党支部书记（正处级）。

2005年末，门诊部相继增设了五官科、眼科，在编人员30人，门诊部工作职责中增加了新生和毕业生的体检。

2010年，王世坤任门诊部主任（正处级），郑培福任门诊部直属党支部书记（正处级），门诊部由旧址搬至原校内专家公寓。

2014年，林敬连任门诊部直属党支部副书记兼门诊部副主任（主持工作，副处级），毛瑞军任门诊部副主任（正科级）。随着人员相继退休，到2014年末门诊部在编人员17人，主要职责校内传染病、流行病防控，健康教育、常见病多发病的治疗和保健，新生毕业生体检。

2015年，林敬连任门诊部直属党支部书记兼门诊部副主任（正处级）。大连大学中山医院瓦房店分院分流十名医护人员，门诊部在编制人员增加至27人，新增彩超科室。

2020年10月校党委加强门诊部的建设，任命中山医院副院长高弼虎担任门诊部副主任、兼任门诊直属党支部书记，夏明辉任副主任、兼任直属党支部副书记。
  2022年2月大连大学附属中山医院湾里医院副院长于军担任门诊部副主任、兼任门诊直属党支部书记，夏明辉任副主任、兼任直属党支部副书记。
  2024年1月大连大学附属新华医院副院长翁文采担任门诊部主任、兼任门诊直属党支部书记，夏明辉任副主任、兼任直属党支部副书记。

大连大学门诊部所经历的三十年，是与大连大学共同成长的三十年，是与时俱进、医疗水平不断提高的三十年。今后，门诊部在校党委的领导下，将不断提高医疗水平和应急防控能力，为创建一流的教学研究型地方大学保驾护航。